SX-Card3ボードが、ホストPCとUSB接続しているかどうかを判別するには...。

USBファームウエア・バージョン"0204"以降、USBリンク・ステータス　LEDの表示を変更しています。

【USBリンク・ステータスLEDの動作】
ホストPCとSX-Card3ボードをUSBケーブルで接続後、ホストPCがボードを認識した時点で、このLEDが点灯します。USBファームウエア・バージョン"0203"以前では、このLEDがひとたび点灯すると、USBケーブルを抜いても点灯したままでした。

バージョン"0204"以降は、ホストPCとボードがUSB接続され、ホストPCがボードを認識しているときだけ、LEDを点灯するように変更しました。

【FPGAでUSB接続状態を確認するには...】
FPGAには　LINKn信号（FPGA-Y2ピン）が接続しています。ホストPCがボードを認識している間、Lowレベルになります。この信号を使用して、FPGA側でホストPCがボードを認識しているかどうか、判別することができます。
このLINKn信号は、USBリンク・ステータスLEDと共通です。

赤枠で囲んだ部分がLINKステータスLEDです。
ホストPCがボードを認識すると、緑に点灯します。同時に、FPGAに接続するLINKn信号がLowレベルに変化します。